畳は厚みがあるため、取り除くと敷居と床の間に大きな段差ができます。
この段差が高くなりすぎるのを防ぐため、畳の厚み分の底上げが必要になります。

根太材＋捨て貼り材＋新しい床材の厚みが、取り除いた畳と同じ厚みになるように材料を用意すると、元の敷居の高さと同じ床の状態にすることができます。
根太材と捨て貼り材をボンドとビスで固定し、その上に新しい床材を施工して下さい。

根太材の施工ついては、フローリングの根太張り工法のページを参考にして下さい。
フローリングの貼り方 根太張り施工編
フローリングの貼り方 -根太張り編-＜動画＞
上記は、根太の上に直接フローリングを施工する動画になりますので、根太材の固定方法や施工間隔等の参考にして下さい。

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