タイルの凹凸がクッションフロアの表面の仕上がりに影響する可能性があります。

タイルの凹凸を平らにするために、パテ処理をするかベニヤ板などを貼った後に、クッションフロアを施工してください。

パテ処理については、こちらのページを参考にしてください。
床用下地処理材の練り方と使い方

クッションフロアの施工方法についてはこちら。
トイレの床にクッションフロアを貼る方法 -簡単DIY編-＜動画＞

トイレをDIYでリフォームする方法