既存の防水シートがどのようなタイプかによってご回答が異なりますが、人工芝裏面の縫い目の跡が付いてしまう可能性は考えられます。

裏面のバッキング素材がラテックスなので、使用環境によっては、擦れることで黒く跡が付いてしまう可能性もございます。